此时墨西哥的情况是周琅想象不到，而拿破仑不想看到的局面。
赵文攻破了墨西哥城之后，撤出軍队之后就在也没有进去。
墨西哥城成了修罗场，印第安人、梅斯蒂索人把城里的白人杀了个精光，不但杀了那些来自欧洲的半岛白人，那些贵族移民，连土生白人也一并清洗掉了，甚至连一些肤色皎白的混血儿都受到波及，之后印第安人跟梅斯蒂索人之间也发生了互相屠杀时间，一直杀了十几天后，双方的火气才慢慢平息下来，长久以来积累的怨气也终于释放干净了。
这时候伊尔戈达才再次获得了軍队的控制权，因为軍队终于恢复了理智。
现在渐渐有一些西班牙将军开始支持伊尔戈达，比如阿连德等一些西班牙军官也加入了他的队伍，伊尔戈达利用这批军官，开始整顿印第安人軍队。
他在墨西哥城组建了新政府，尽管对这座城里发生的大屠杀一直耿耿于怀，他甚至一度想要结束自己的声明，好救赎自己的罪孽，但他最后想通了。
之所以发生大屠杀这种罪恶，源自于人类的本性，是西班牙人的贪婪，让他们将痛苦加在墨西哥人身上，墨西哥人现在又将这份痛苦，返还给了西班牙人而已。
这么想着的时候，伊尔戈达已经开始以一个墨西哥人的身份思考问题，而不再是将自己视作一个纯粹的土生白人。
过去他常常看着那些做苦工的印第安人，这些人信奉着西班牙人的宗教，为西班牙的贵族提供优渥的生活，不禁陷入了深深的沉思：这片叫做墨西哥的土地，为什么会由西班牙人管理，谁才是这片土地真正的主人？是像我这样土生土长在墨西哥的白人和印第安人，还是那些飘洋过海从欧洲来的白人？??
?这个问题困扰了他很久很久，从上学的时候就开始思考，当了牧师的时候还在思考，到如今的花甲之年，他终于醒悟了，这个国家属于土生土长在这片土地的人民，不管什么肤色，什么种族，只有在这片土地上长大的人才有资格治理这片土地！土生白人，梅斯蒂索人，印第安人才是这片土地真正的主人。
心结解开之后，伊尔戈达迅速组建墨西哥政府，他是一个很有威望的人，神父的身份让他很容易得到大量天主教徒的拥护，而天主教在墨西哥已经是一个很重要的宗教了，大到墨西哥城，小道多洛雷斯这样的小镇，处处都要天主教堂，不管是白人、混血还是印第安人，大多信仰上帝。
另外他带领印第安起义军攻占了墨西哥城，让他的威望更是达到了顶峰，他开始改革，大刀阔斧的改革，他宣布废除奴隶制，墨西哥种植园中，并不算多的奴隶立刻获得自由民身份，并且永久禁止奴隶买卖。
接着发布命令，允许墨西哥公社（相当于部落）和村落，可以无偿拿回他们被西班牙人夺走的土地，不管这些土地是购买的，还是抢夺的，他们现在都可以拿回去。
他还宣布取消印第安村落承担的沉重赋税以及封建义务，任何人，不管多么位高权重，都不能无条件役使印第安人为他们做事。
这些政策充满了理想主义和人类的道德良知，可是却让伊尔戈达因此失去了一批最有势力的支持者，那些跟他一样出身的土生白人，因为这些土生白人才是真正的土地所有者，那些掠夺印第安人土地的要么是他们，要么是他们的祖先干的，但这些土地现在都在他们的手上，而伊尔戈达却要让印第安人夺走他们手里的土地。
这些人原本对伊尔戈达充满了希望，希望他带领大家建立一个自由的墨西哥共和国，可现在共和国成立了，他们却发现这根本不是他们想要的祖国。
原本一些土生白人出生的士兵和军官离开了伊尔戈达的队伍，回到了他们的庄园，开始组织起反抗军，现在不是反抗西班牙人了，而是反抗伊尔戈达。他们管这位自由的使者，这位上帝的仆人，这位墨西哥之父，现在称之为暴君，神棍和叛国者。
反叛者出没于乡村，出没于一个个种植园，他们跟政府军对抗，跟印第安人部落对抗，目的也只是保卫他们的财产而已。他们甚至开始怀念起了西班牙殖民者的统治，至少西班牙国王不会拿走他们的土地。