新选组目前下辖4个部门——</p>
拔刀队（负责街头巷战、野外冲锋等近身战）。长官为“副长”。</p>
都察局（负责监察队士）。长官为“局长”。</p>
总务司（负责处理行政工作）。长官为“总长”。</p>
财务室（负责掌管财政及后勤）。长官为“室长”。</p>
凌驾在这4位长官之上的，便是大权独揽的新选组总队长。</p>
除此以外，还有不负责具体事务，只负责给总队长出谋划策的“参谋”一职。</p>
拔刀队下辖10支番队，每支番队各有“队长”1名、“副队长”1名、“队士”若干。</p>
都察局下辖基层职务：“目付”。</p>
总务室下辖基层职务：“支配”。</p>
财务室下辖基层职务：“勘定”。</p>
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新选组的组织架构（截至最新章）</p>
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最高管理层——</p>
【京畿镇抚使、新选组总队长】：橘青登</p>
【副长】：土方岁三</p>
【局长】：近藤勇</p>
【总长】：山南敬助</p>
【室长】：（暂时空缺）</p>
【参谋】：清河八郎</p>
拔刀队的10支番队——</p>
【一番队队长】：冲田总司</p>
【二番队队长】：永仓新八</p>try{ggauto();} catch(ex){}
【三番队队长】：斋藤一</p>
【四番队队长】：芹泽鸭</p>