虽说试探过后，朱元璋对他有所冷落，却并未对他下杀手，这也让他在担忧之余又有些欣喜。
他原本想着该如何赢回朱元璋的信任，没想到朱元璋才刚贬他的职，随即又委以重任，一时间竟也看不清对方的用意了。
朱元璋见申湛然并未应答，还以为他心有犹豫，又故作关心地道：「申卿，咱知此事难为，你
有什么顾虑尽可直言！」
申湛然闻言，这才回过神来，恭敬地道：「陛下思虑周全，微臣并没有什么为难之处，只是有两个小建议，请陛下圣裁！」
朱元璋见申湛然一反常态，心中也是一喜，笑道：「你有何建议，但说无妨！」
申湛然理了理思绪，躬身道：「朝廷在播州之役中平定杨应龙后，将播州土地拆成遵义府和平越府，分别划归四川和贵州管辖。」
「因朝廷的改土归流再次引起了土司的担忧，这才有了先帝元年的奢安之乱，所以陛下要稳定云贵，弱化改土归流确实是上策。」
「只是现今叛乱四起，若朝廷只是空言安抚，微臣担心众土司未必会信，所以微臣觉得陛下不妨再册封几个边陲土司，以示陛下并无改土归流之心。」
「同时在封几个跋扈且实力强大的土司，激化土司间的矛盾......」
朱元璋听着申湛然的讲述，心中赞许的同时也暗暗下了决心，一定要在今世解决掉土司问题。
原来土司制度是从唐朝实施的羁縻制度延续而来，到元朝完善为土司制度，它是朝廷无力顾及西南边陲，采用土官治土民的一种方式。
在此制度下，朝廷承认土司的首领世袭地位，并授予其官职，由各地土司宣传朝廷制度，规范辖区百姓，实行间接统治。
可在土司统治下，土地和人民都归土司世袭所有，司法、财政、行政、兵事都可以自治，好似国中之国。
因此土司在其境内，只执行对他们有利的政策，致使朝廷的政策并不能得到真正落实。
有鉴于此，朱元璋在取得天下后，只延续了部分的土司制度。
他按照世袭土司管辖区域的大小，设立了土知府、土知州、土知县三种文官职务。
通过这种方式将土司纳入了大明的官员系统，也将世袭的土司改为由朝廷任命的流动官员，为改土归流做好了准备。
朱元璋的改土归流其实也很简单，就是废除土司制度，由朝廷委派流官直接进行统治，实行和其他地方相同的制度。
这一政策的实施虽增强了大明对少数民族的管理，却也加剧了大明与土司之间的矛盾，致使西南边疆动乱频发。
由于大明中后期实力减弱，为免局势太过动荡，对众土司的态度也时软时硬，缓慢蚕食，以至今日尚未竟全功。
「申卿，你的提议很好，就按此去执行，除此之外，你还要留意吴三桂的动向。」
「他先前平叛时虽立了不少的功，却也借机害死了王永吉，削弱了高第的力量。」
「现今山海关尽在他的掌控中，一旦有变，京城必是首当其冲，所以此事你务必重视，还有......」
朱元璋肯定了申湛然的建议后，又叮嘱道。
申湛然听着朱元璋的吩咐，眼中闪过一道精光，随即躬身应了下来。
与此同时，在数百里外的山海关中，吴三桂也是眉头紧皱。