大久保利通道：可以酌减，有劳公使先生。
当日，威妥玛即至清国总理衙门，游说赔偿事宜。
恭亲王奕訢道：他国攻我之地，我国偿其费用，此甚无理！
威妥玛道：此非倭人之军费，此乃遇害难民之抚恤。贵国若不赔偿，贵国东南之台海，必起兵戎。
威妥玛别后，军机大臣李鸿藻道：直隶总督李鸿章甚谙洋务，何不致函询问。
奕訢谓沈桂芬道：沈大人何意？
军机大臣沈桂芬道：200万两白银，倭人狮子大开口矣！琉球遇难之民54人，每人赔偿2000两，10万两白银足已。
奕訢道：区区10万白银，若能促倭退兵，当是最佳之局。此事牵扯亦多，且看李鸿章之意。
李鸿章接函，速即回曰：：阅威妥玛叙日本兵费一节，总近嘉音。平心而论，琉球难民之案，已逾三年，闽省并未认真查办，无论如何辩驳，我国亦小有不是。万不得已，或彼因为人命起见，酌议如何抚恤琉球被难之人，并念该国兵士，远道艰苦，乞恩犒赏，不拘多寡，不作兵费，俾得踊跃回国。且出自我意，不由彼讨价还价，或稍得体，而非城下之盟可比。此论为清议所不许，而环顾时局，海防非急切所能周。美、英、法、俄各国虽未明帮倭人，未始不望倭人之收功获利，断无实心帮我。
沈葆桢亦奏：倭备虽增，倭情渐怯，彼非不知难而退，而谣言四布，冀我受其恫吓，迁就求利。倘入彼瓮中，必得一步又进一步，但使我厚集兵力，无隙可乘，自必帖耳而去。故宽其称兵既往之咎，已足明朝廷逾格之恩，倘妄肆要求，愿坚持定见，力为拒却。
李鸿章以抚恤定案，沈葆桢模棱两可，恭亲王奕訢实不能决，遂奏请同治帝圣裁。
同治帝谕曰；新疆战事未了，东南复起兵戈，此不利我国。遇难之民，必当抚恤；倭人退兵之日，赔偿金到位之时。
1874年10月31日，大清国恭亲王奕訢与日本内务卿大久保利通于北京签署《中日北京专约》。
文曰：兹以台湾生番曾将日本国属民等妄为加害，日本国本意为该番是问，遂遣兵往彼，向该生番等诘责。今与清国议明退兵并善后办法，开列三条于后。
一、日本国此次所办，原为保民义举，中国不指以为不是。
二、前次所有遇害难民之家，清国定给抚恤银两；日本所有在该处修道建房等件，先行筹补银两，另有议办之据。
三、所有此事，两国一切来往公文，彼此撤回注销，用作罢论。至于该处生番，清国自宜设法，妥为约束，以期永保航客不能再受凶害。
两国互换凭单，议办如下：日本国从前被害难民之家，中国先准给抚恤银十万两。又日本退兵，在台地所有修道建房等件，中国愿留自用，准给银四十万两，亦经议定。准于日本国明治七年十二月二十日日本国全行退兵，中国同治十三年十一月十二日中国全数付给，均不得延期。日本国兵未经全数退尽之时，中国银两亦不全数付给，立此为据，彼此各执一纸存照。