赖、张二捻皆灭，两宫喜泣，速谕内阁，赏还李鸿章黄马褂、双眼花翎，赏加太子太保衔、协办大学士，补授湖广总督；赏加左宗棠太子太保衔，撤销历次处分，与丁宝桢、英翰等一并交部照一等军功议叙。
左宗棠接旨，甚忿，不以淮军歼贼为然，亦不上奏请功，以生要见张贼宗禹之人死要觅张贼宗禹之尸，督军四出，多方搜剔。
李鸿章怒气冲天，致函曾国藩：此次张捻之灭，天时地利人和实兼有之，袛一左公龁到底。其人阿瞒本色，于此毕露，不知胡文忠公当日何以如许推重也。
鸿章函罢，复再上疏：捻逆倡乱已历十数年，虽未多据城池，其善攻善守亦不及粤匪，而剽悍善战实过之。
现任大学士两江总督曾国藩接办年余，谋定后战，虽未立见速效，而长墙围制之策，实已得其要领，臣得变通尽利以竟全功，实自曾国藩开之。且自回任后，事事与臣和衷共济，筹饷筹兵不遗余力，忠恳之诚无间去留。
现幸仰托圣主威灵，中原底定，可否分别加恩以慰忠荩？此外凡剿捻以来文武大员，诸色官吏，因公牺牲，为国捐躯，没于王事者，可否饬部查明一律推恩，用广皇仁而作士气。
慈禧太后接奏，道：曾国藩筹办淮军后路军火，俾李鸿章等克竟全功，加恩赏赐曾国藩一云骑尉世职，著交部从优议叙。
恭亲王奕訢道：洪逆荼毒江南十余载，掠夺无数；金陵城破，却无一丝资财，市井小儿，亦知其中蹊跷。
慈禧太后道：发、捻二逆完灭，论功行赏，曾国藩独占鳌头；速谕内阁，曾国藩著调补直隶总督，两江总督著浙江巡抚马新贻调补；李鸿章宜速进京陛见，再行赴任湖广总督一职。
慈安太后道：马新贻虽随袁甲三剿捻，然战功平平，可否震慑伏莽？
奕訢亦道：马新贻资历平直，恐难赴任两江；同治四年，曾国藩力阻吴棠督任两江，此次必定复阻。
慈禧太后道：直督乃疆圻之首，曾国藩婉拒万难；马新贻赴任两江，投石问路之举，本宫且观各方角逐。这两江督任，彭玉麟乃最佳之选，无奈此人一辞安徽巡抚，再辞漕运总督，复辞兵部侍郎；彭以寒士始，又以寒士归，一意思归，孰能奈何？
慈安太后道：既如此，即下谕旨，且观各路大员作为。
慈禧太后道：发、捻皆灭，太平之世，无须打打杀杀；速传马新贻进京陛见，本宫要面授机宜。另，曾国藩上疏，东西捻股一律肃清，湘、淮各军亟应赶紧裁撤，以节饷需而纾民困。传旨李鸿章，进京面圣之前，先行奏请裁撤淮勇事宜。
曾国藩接旨，亦多感慨，致书李鸿章曰：自去秋以来，波澜迭起，疑谤不摇，宠辱不惊，卒能艰难百折，了此一段奇功，固自可喜，德力尤为可敬。此次北就疆圻，责重任巨，忧喜叠加。
李鸿章接书，回曰：恩师如晤，发、捻皆灭，鸟尽折弓，兹将裁军事宜函告恩师，祈求恩师匡正。江淮诸军，大部裁撤，惟留刘铭传一军驻扎畿南之张秋镇，卫戍京畿；郭松林之武毅军，裁减至五营，以备亟需；潘鼎新、周盛波两皆执意开缺省亲，吾意潘之鼎军从左帅剿匪，周之盛军随吾入鄂，奈何世事难以两全，权且成人之美；恩师告诫，家门盛满，盈则亏，鹤章、昭庆退居人后，归隐故里，亦为圆满；周盛传督率盛、传二营随吾入鄂，届时途经金陵，再请恩师垂询。
西捻军完灭，朝廷赏赐甚优，左宗棠闷闷不乐。
刘松山等一再恳劝。
左宗棠道：剿除张捻，乃吾皇恩赐极大之重任，奈何屡失战机，到头却为他人作嫁衣裳。
刘松山道：戎马倥偬，战事无常，左帅已尽全力矣。
左宗棠道：以河圈制，游师追剿，本吾与李鸿章既定之策，然李氏以统军之权，尽遣淮人角逐，吾师惟有作壁上观，望贼兴叹。吾非伸秦师而抑淮勇，然李氏前后所为，确属好大喜功，矫揉造作。
是日，左宗棠再奏：伏思逆捻乘冰桥过山西，臣疏于筹划思谋，咎无可辞；追贼于山西、河南交界，未能早日完事；待贼逆窜扰山东，窥探天津、直沽，臣且防且剿，又未能于限定之日歼灭逆贼，臣之调度无方，已可从中窥见一斑，伏乞皇太后皇上收回成命，则臣稍收忧愤之心。
两宫接左宗棠奏章，又谕：左臣千里追剿，劳苦功高，着毋庸议。陕甘军务紧要，左臣宗棠务必统率刘松山、郭宝昌、喜昌等军，由晋渡河入秦，节节扫荡鄜州、延安、绥德、榆林等处茴匪；左臣入秦之前，先行进京陛见。