两日之内，清军亡五百，伤一千；英军仅九死八十伤。奕山不敢再战，竖立白旗，遣广州知府余纯保与义律议定广州和约。
条约五款，一、三位钦差大人与各省官兵，六日之内全出城外，远往二百里外驻扎。二、赔银六百万两，明日先缴一百万两，自明日起，七日之内，务必缴清。三、英兵占据各处，仍行据守；待款项缴清，炮台奉还，兵船亦退出外洋。四、各馆被掠诸件，须于七日内如数赔还，并十九年误烧吕宋船一事，亦要七日内赔还。五、此各端须要广州知府奉有三位钦差大人会同广州将军、两广总督部堂、广东巡抚部院六位会衔公文，令其代行议定依议办理，方为妥善。
约签之后，奕山率军退出广州城，于六十里外安营扎寨。义律收得一百万赔偿，但等剩余五百万结清，亦退城南下。
5月29日，一撮英军闲来无事，擅下四方炮台，窜扰三元里，刨坟茔辱妇人，附近一百零三村乡民暴怒，拎锄持棒，围英军于牛栏岗，恰逢狂风暴雨，英人枪炮哑火，乡民乘势围殴，打死七英军，伤四十二。英主力来援。乡民忿发，又围英军于四方炮台。义律惊恐，照会奕山：如不能全身而退必毁约屠城。
奕山惧，令余纯保劝和。余纯保至，竭力劝解，且曰十年大计和则两益。
众纳余言，散。
英人恫吓曰：后勿再犯！
乡民即警：若敢再来，不用官兵，不用国帑，自个出力，杀尽尔等猪狗，方消我各乡惨毒之害也！
三元里民愤渐熄，奕山奏报：初五日，英三十八战船攻我城池；奸佞混入，烧我战船；另一路奸佞引英人自陆路北进，越秀山炮台为英夷夺取。我三面拒敌，此万分危急时候，参将熊瑞升见夷人指手划脚，遂找通事问询。通事道夷人有冤情上奏，总兵段永福斥责：我天朝将军奉命作战，岂能相见！夷首兵器掷地，免冠施礼。段永福再派通事质问，夷称我天朝不准其贸易，货物糜烂，万难周转，所以特请转奏大皇帝恩准通商，追究商欠，即退出占地，再不滋事。现虎门藩篱已失，广州无所依托，为保城全，不如暂应夷人；商欠由洋商代为筹措，尚有二百八十万两缺口，可暂用库银垫付。夷兵退后，即可增强武备，如夷再敢张狂，吾即杜绝通商。
广西巡抚梁章钜上奏：初十日有三元里附近乡民数万人，激于义愤，竭力抵御，一呼四起，围困义律等众，功在须臾。余纯保得义律私信，出城弹压，事遂败。民心可用，宜责成祈贡、怡良团练乡民，以收复相港为首务。
道光帝谕：夷性犬羊，不值与之计较，况既经惩创，已示兵威，现城内居民纷纷递交禀帖，夷又免冠作礼，恳求转奏乞恩。朕体谅其中定有不得已之苦衷，特许通商。相港，朕之地，必相机收回。
奕山接旨，三拜九叩，涕零而叹：“吾皇仁育义正，戢兵安民，覆幬之恩，覃敷中外。”
闽浙总督颜伯焘弹劾奕山谎报军情、欺上瞒下，三元里乡民围夷，却被奕阻。
道光帝谕令梁章钜密查。
梁章钜接旨奏曰：三元里情况属实，奕山确实阻民制夷。
道光帝接奏，谓穆彰阿道：“奕山欺上瞒下，然南粤夷患确亦平息。”
穆彰阿道：“启禀万岁，容奴才妄言，兵者，国之大事，存亡之道也。既已平息，小节勿计。”
道光帝叹曰：“夷患虽平，水患又至。河南祥符三十堡堤决口，大水围浸开封府，一溅数丈，势如尘滚。开封城万民惶恐，不法分子乘机肆虐，河道总督奏请开封搬迁，以避洪患。河南巡抚牛鉴却言，一旦迁省，官绅皆逃，百姓遭殃，万世之劫。王鼎亦同牛意。”
穆彰阿道：“王鼎刚正，可御万难！”
道光帝道：“速传朕谕，着东阁大学士、军机大臣王鼎，飞驰赴豫，督塞黄河决口。豫抚牛鉴，亦必雷厉风行，躬身亲往，以镇民心。罪臣林则徐，暂缓赴疆，速至河南，协助王鼎，治理水患。”
牛鉴领旨，一叶扁舟直抵开封城下，攀绳越城，将首恶分子斩首示众，张榜约法，人心始定。
王鼎至豫，偕林则徐、内阁中书张亮基等，朝夕驻坝，与民众同“畚锸”，誓于翌年汛前，合拢溃口。