柯南变小以后的时间线就没这么清楚了，只能从漫画里黑衣组织出现的情节来判定，这里就不考虑动画的魔改了。
变小以后，柯南第一次和黑衣组织接触是在列车上，这次柯南得知了琴酒和伏特加的代号，然后是遇到了龙舌兰，然后是十亿日元劫案，然后是宫野志保变成灰原哀，然后是皮斯科的剧情，然后就进入了满月篇（贝尔摩德变成新出医生以后都算满月篇）后续就不说了，大家应该都知道了。
最后是主角的时间线，主角和安室透这些警校五人组同龄，比赤井秀一小三岁。
柯南元年11年前，笛口晟为了满足自己欲望开始绑架幼女。
10年前，主角的姐姐被当做替罪羊抓了起来。
随后主角考入警校，在毕业后考取了公务员。
柯南元年7年前，主角22岁的时候进入了公安，并救下了研二，救下研二的剧情只是点了一下，关系到后面一个伏笔，没有细写。
柯南元年3年前，主角26岁升任警视，成为了警备二课的最大领导，同年花间宫子入职。
几个月后，柯南元年2年8，9月的时候，主角去了群马县调查池田松。
柯南元年1年前，主角抓到了池田松，回到东京，开了宠物店，剧情正式开始。