改革后的同军军制如下：
军务部三曹的设置不变。
从上次同舟社大改组至今的运行情况看，兵曹、战曹职能发挥较好，基本发挥了应有的作用，暂时不作调整。
宪曹主司教化之职，因社务部已有教曹，乃改其名为政曹。
政者，政治、权柄、政令之义。
徐泽并没有明确宪曹改名的原因，但由“宪”变“政”，足以让众人明白军务部三曹“两大一小”的局面已经改变。
如此以来，兵曹掌管军队征集、编制、军械、训练、戎马之政令以及军事科研、武将选用、官兵薪给等事务，地位略高于战曹和政曹，是纯粹的“机关”，没有实际军事指挥权。
战曹掌管兵防、边备、作战、兵要地志等事务，掌军机之要，战曹指导下的各参军协助掌兵官打仗，事务繁重，但没有军事决策权。
政曹原本的军纪、军行、军法之职由其下的宪司履行，主业改为军中教化，但不干涉行军打仗，却能对兵曹和战曹履职情况进行监督。
军务部之下，原本的登州、辽东、海东三个军区全部撤销。
辽东置巡抚衙门，赵遹为首任辽东巡抚使。
“巡抚”一职并非起于原本历史线上的明、清两朝，实际上此职早已有之。
南北朝时，北魏骁将来大千随太武帝北伐，大败柔然之后，太武帝以其多有战功且熟悉北境险要，遂诏大千“巡抚六镇，以防寇虏”，但此“巡抚”并非正式职官。
唐代开始将巡抚使制度化，并且作为使职官正式存在，狄仁杰就曾以冬官（即工部）侍郎任江南巡抚使，但有唐一朝，巡抚使并不常设。
宋承唐制度，又因雍熙北伐失败，为防内部“奸邪无状”，频繁派遣巡抚使，其职主要是问民疾苦、疏理滞狱，要求“但有所闻，皆达天听”。
徐泽任命赵遹的这个巡抚使显然跟赵宋不一样，不仅掌行政、监察、司法等权力，还加“提督军务”衔，军政一把抓，权力很大，对辽东所有事务负责。
此举，并非徐泽对“流放”的赵遹进行妥协或安慰，而是形势发展的必然。
辽东本是化外之地，同舟社对该地的改造力度虽大，但时间太短，很多传统习惯根本不及扭转。
而且，同舟社底蕴不足，人才匮乏，辽东又情况特殊，盲目派汉地官员到彼处，搞不好就会坏事，只能多用旧官，靠他们跟上同舟社的快速发展确实有些困难。
自徐泽回到之罘湾后，辽东的治理水平就一直在下滑，以至于他不得不在辽东设置监御史一职。
京东之战结束，同舟社总部由之罘湾迁到诸城，对辽东的掌控和指导力度变得更弱。
以后，随着统一战争进程逐步深入，总部还会继续向内地迁移，再靠一个单薄的监御史对辽东各州的行政事务进行监察，已经无法适应形势发展的需要了。
作为日后攻击金国，夺取辽地和同化高丽的桥头堡，辽东的建设速度必须加快，设置辽东巡抚使是必然之举，也是京东-辽东一体化战略中的重要组成部分。