返回京师，陪他一起回来的还有三千名中卫军精锐，一千多镇抚司番子。
崇祯皇帝的突然出现让京师颇为震动，因为距离皇帝御驾亲征，已经过去两年，两年时间，
太子朱慈鑫在京师监国快两年，朝廷上又流传出不少关于太子的传言，拥立之功的诱惑太大，总是让太子周边众人赴汤蹈火，这些大臣为了这些功名利禄，做事情也没有任何底线。朱由检之前已经杀过一批，没想到现在这些人又回来了。既然回来了朱由检当然要好好收拾一下他们。
朱由检回到紫禁城中，旋即夺回了太子的监国之权。聚拢在太子身边的一些大臣，早以为崇祯死在了海外，没想到朱由检竟然回来了，这些人早已经做好了拥立太子登基的准备，甚至有人起草好了诏书，而今大明奄有四海，直接统治人口超过五亿，身处权力巅峰，只要能靠近帝国的权力中心，就能获得无尽的权力与资源。这也是这些大臣们拼命争权夺利的根本原因。然而一个国家只能有一个中心，现在局势发展下去，已经出现了两个中心。这当然是朱由检不能接受的。太子当然不能被废掉，太子的存在对帝国安稳具有一定的积极作用，所以太子是要留下来的。清算并没有进行的很彻底，因为住友金要给太子留下可以辅佐自己的大臣，否则以后太子就成了光杆司令了。当然太子能不能活到朱由检驾崩，这也是个问题，所以朱由检对这位太子还是比较放心的，只是太子周围的人如果不加以控制，将来就会对大明权力中心造成影响。十二名大臣被朱由检下令斩首，还有二十多人被发配充军，京师官场又是一番剧烈震动。随着大明帝国疆域的不断扩张，朱由检也开始筹划迁都的事宜，都城定在北京现在已经明显不合时宜。
接下来就要考虑新的都城位置了，武昌或是长沙，离开独一