按照原先计划，潜伏在厦门城中的特勤队将发动突袭，里应外合，一举策应大军攻城，不过为避免锦衣卫在这种地方遭受损失，也是为了将这把钢刀用在更重要的地方，崇祯皇帝下令潜伏城中的锦衣卫暂停行动，他将以堂堂阵战击溃守军，让东南各地的海盗缙绅们见识一下大明皇帝的真正实力，如此才能收到杀鸡儆猴的功效。
大军压境，方知府大概是对崇祯皇帝作战信心估计不足，亦或是还不知道发生在舟山的事情，竟然派遣说客前来，向崇祯皇帝游说一番，大致是说福建从来未与朝廷为敌，朝廷交代下来的剿灭海盗，禁止与海盗海贸，在此都得到了坚决贯彻执行。
那说客说这话的时候，朱由检已经下令开始攻城，两军交战，不斩来使，不过眼前这位使者表演实在太过浮夸，让朱由检产生一种生理上的厌恶。
“拖下去，祭旗！”
上千门红衣巨炮从海面上发射出炮弹，如雨点般向厦门海防城墙砸去。
曾经固若金汤的厦门海防堤墙，在巨炮轰击下，很快出现一个缺口，一万两千名登陆明军沿着缺口进入厦门主城，镇守内城的一千多名战兵在明军开始轰击城门时便溃散大半，剩余一些家丁见黑压压的明军主力冲过来，几个亡命之徒上前阻挡，旋即被火铳兵打成了筛子，剩余家丁连忙丢下守城器械，匆忙向内城逃去。
不破不立是崇祯皇帝信奉的法则，只有将旧有的秩序彻底打破，才有可能建立新的富有朝气的秩序。
厦门知府方一藻听闻朱由检率大军来攻，未作任何抵抗，便弃城而逃，他乘坐一艘荷兰人飞剪船，携带金银细软，连夜逃往台湾，那里是所有反明势力汇合的据点，也是他们最后的希望。