至于闽南王郑芝龙，他被朝廷诏安后不久清军便乘龙入关，郑氏凭借拥立之功，在南明朝廷中飞扬跋扈，根本不过南明君臣放在眼中。后清军南下，郑芝龙更是坐宏光等朝廷覆灭，为保存实力不予以援助。再后来，郑芝龙审时度势选择投靠清军，为此不惜与反对自己降清的二子郑成功决裂。从这个角度上说，称郑芝龙为弑君叛国也毫不为过。
平心而论，朱由检对这样一个海盗头子并不怎么感冒，在很长一段时间内，崇祯皇帝甚至一度想要争取郑氏加入大明海军为自己所用。然而郑芝龙却对朱由检的好意多次予以拒绝，郑芝龙想要的，不止是在闽南做土皇帝，和李自成一样，他的野望是要成就当年扶余国那样的大业。
简单来说，郑氏想要在闽南台湾之间建国称号，成为独立于明清之外的力量存在。
朱由检对闽南王郑芝龙的野望并不感冒，甚至无心去了解，毕竟在过去的两年多时间里，他的主要精力都在辽东建奴与江南文官以及流贼顺军身上。在大明海军羽翼未丰之前，崇祯皇帝对海上事务不是非常上心。
原因嘛，自然颇为简单，因为实力尚不足够左右东南局势。
虽说朱由检麾下中卫军战力不凡，然而大明海军到底如何，尚有疑问。
郑芝龙的使者缓缓道：”愿意随大明海军一起登陆日本，向幕府将军彰显我天朝国威，不过我家主公想要分一万石铜矿，”
“一个海盗头子也敢向朕讨价还价，舌尖上的大明就快结束了，还差一道海鲜，就拿郑芝龙当食材吧，”
崇祯十九年六月，大明海军由登州海港出发，顺风远航，即将抵达日本，而盘踞东南沿海已久的郑芝龙，妄想以自己掌握的三万多海盗倭寇为资本，与明军合并一处，乘火打劫，从德川家光那里谋取好处。
在此之前，郑氏盘踞东海，还与东进的荷兰舰队发生过海战，以多欺少，勉强获得了胜利，到崇祯末年，东南沿海已然成为郑芝龙的独立王国，郑芝龙在海上进行各种走私贩卖，又垄断商路，大明王朝内忧外患，无暇顾及东南。
不过眼下建奴流贼对崇祯皇帝皆不再构成实质性威胁，是时候腾出手来对付郑氏集团了。
“郑总兵既然想为国效力，朕便应该好好赏赐他，将他诏入京师，朕要对他唯以重用。”
从山东至东南，关于郑芝龙被晋升为两广总督的流言被传的神乎其神，就连郑芝龙本人也开始相信了。
然而郑芝龙之子郑成功却不以为然，如同原本历史位面中，因为父亲降清郑成功与其决裂，如今在是否进京受爵的问题上，郑氏父子两人也产生了严重冲突。
郑成功对此次受封颇为怀疑，他怀疑这是朱由检的奸计，甚至担心父亲此去山东多半会一去不返。
然而郑芝龙却不以为然，他甚至觉得父亲完全只是多虑，当下朱由检正在对宏光朝廷采取行动，囤重兵于江淮，北方建奴威胁尚在，在这种情况下，朱由检是不可能开罪东南的。
“皇恩浩荡，勿要迟疑，”