再好的政策都需要有合格的官员执行，汉国政府内部官员成分复杂，大部分是未经过系统教育，半路出家的落魄秀才、举人以及稍有文化知识的商人，他们的加入。虽然在一定程度上解决了汉国官员人数不足的困扰，但是随着时间的推延和汉国国土面积倍增的影响，仓促间登上官位的他们不仅无法为政府的有效运转提供帮助，而且还直接或者间接的损害了国家的利益。
林亚相和他控制的义兴公司所涉事的案件就是一场典型的官员腐败、官商勾结的例子，云州地方上的官员违背政府制定的法令，明里暗里向相关人员输送利益，侵害国家公有土地、税收等，他们明明知道这样做不符合律法要求，但是因为官员专业素养的欠缺，许多官员抱着冒险试试，无人察觉的心态去做，最终导致整个云州地方政府乌烟瘴气，腐败横行。
立国初期，新的统治阶级取代旧的阶级，是最容易滋发权力垄断的时期，如果不在源头时期对政府官员队伍进行整顿，往后时间推迟越久，进行改革的代价和后果也会越高。
清理官员队伍、提高政府机关行政效率没有好的方法，结合汉国当前实际情况，李明远决定从四个方面开始入手。
一从国家安全部抽调专业的情报人员赴各地方州县进行调查，搜集地方官员、商人违法犯罪的证据，发现一批处理一批。
二在督察院内部新设廉政司部门，行政级别高配为副部级，直接向皇帝负责，专门负责处理官员腐败、官商勾结、经济领域犯罪等案件。
三加快专业官员的培养速度，择优选拔高校毕业生进入中央、地方政府行政机关工作，初期从事一些辅助主官性质的工作，分担主官的权力和对主官进行一定程度的权力牵制。
四鉴于南美洲十年内难有大战爆发，国家将处于一段长时期的和平期，李明远认为，把那些具有一定文化素养、执行能力强的军官、士兵继续安排到政府基层机构，能够加强政府对地方基层的掌控，虽然复员军官、士兵中也不可避免会出现腐败份子，但是和那些半路加入进来的大陆旧氏文人、商人相比，李明远更相信经过一段时期的军队教育、训练，服从性强的退役军官们更加可靠。
1879年11月初，经过几个月摸索调查，针对汉国境内各州府的第一轮清理整顿工作开始启动。
林亚相和义兴公司作为重点关注的对象，最早遭受抓捕与查封，林亚相本人因为侵吞国家荒地数额巨大，多次隐瞒所管辖公司、种植园发生的重大伤亡事故，被判处死刑并且没收全部个人财产，同时与林亚相案件牵涉的一百多名官员、义兴公司大小管事全部被抓，义兴公司名下百分之八十的资产被查封充公，被义兴公司非法雇佣和限制人身自由的六千二百名工人恢复自由人身份，并且获准从义兴公司的资产中得到一部分作为经济补偿。
第一轮内部整顿的风暴在一京三府十八州各地全面掀起，截止1879年11月24日，总计有1075名大小官员被逮捕入狱，2148名商人、旧式文人被立案调查，没收涉案土地、店铺、财产总价值折合白银约1070万两，约占汉国一年总财政收入的二分之一。
按照同一时期满清朝廷财政收入3万万两白银计算，汉国每年财政总收入2000万两白银，只占满清朝廷收入的十五分之一，折合人均财政收入，汉国人均财政收入也只比满清治下多出三倍左右，但是算上汉国政府军每年补贴在移民运输、本土土地开发、工业建设等方面的成本支出，以及汉国本土粮食、布匹等商品价格低廉的因素，平均一户汉国百姓的生活水平，要比满清治下百姓高出四到五倍，人均财政收入也比账面上要多出许多。