秘理院没有了对军队的直接参与，成员完全受姜榆罔指挥，因而权力的管理分配相对纯粹，这一点和过去的情报部很是不同。
表面上看，这只是收回了一部分对军事的议事和指挥权，但实际上，这是改变了秘理院成员的军官身份，转化成为真正的情报人员和特工人员。
因为感到难于把这些淳朴的卫所士兵直接训练位军事参谋人员和情报调查人员，姜榆罔通过建立权责混合的情报部作为过渡，终于培养出来了一批具备基本的军事参谋和情报特工素质的人员。
神狩院负责分流军事参谋部分，而秘理院则是分流了情报特工部分。秘理院的成员们不再需要调动军队士兵为己出力，他们每个人都是最精锐的战士，而因为代行姜榆罔意志的原因，他们理论上掌握着仅次于枢机院的权力。
这里又是一层权力制约设置，枢机院作为姜榆罔之下的最高管理部门，是具备一定的管理秘理院的能力的，而秘理院又只听从姜榆罔命令，所有只有在枢机院接到姜榆罔命令后，才能真正的调动秘理院。
重重分析下来，还是只有姜榆罔可以调度秘理院，而同时又保证了枢机院的最高地位，使枢机院不会因为秘理院对所有部门的监督能力而遭到秘理院的实际支配，仍然保持着管理秘理院的能力。
这两大强力部门权力重重交错，又能各司其职，而真正的权力最终还是归属于姜榆罔手中。加上通过神狩院的具体管理和自己的最高军官等阶身份来实现彻底掌握的军队的，姜榆罔通过一系列的编制设计成为了莽古堡势力真正的掌握者。
当然了，他能做到这一点，与他在莽古堡绝对的威望是离不开的，而这权利与威望重重叠叠，几个月下来，虽然不能说管理控制的深入度有多么高，但绝对是要远超于这些村民原本的山寨寨主的管理能力的。
秘理院的第二个特点，则是之前的情报部所不具备的，绝对的保密性。之前的情报部因为成员要与各方面，甚至是军队进行交涉管理的缘故，所有成员的身份基本上是公开的。
相比普通士兵，这些成员反而有着更高的知名度，许多人的身份都是完全敞开的，大量的村民，工匠和士兵与其熟识，这样的结果就是很难实现一些有保密需求的任务的秘密执行。
在掌控南桑寨的势力之后，姜榆罔也有较深入地思考过对于这种身份暴露情况的处理，最终决定将这些已经暴露身份的情报部成员作为神狩院成员培养，而尚未暴露身份的成员，则是要尽可能对身份进行保密，以期待其能够成为未来的专业情报人员。
最后的秘理院成员，全部由这些未暴露身份的情报部成员组成。姜榆罔安排张大可的造物院制作了一批面具，秘理院成员平时要佩戴面具，只有做一些必要的潜伏任务时，才可以摘下面具。
而无论戴不戴面具，他们都是不可以暴露自己的真名的。
在选择加入秘理院时，所有人都要宣誓深藏自己的真名，除了与家人想出时可以使用真名以外，其他任何时候，包括与姜榆罔交流，都要使用化名。
为了这些人的化名，姜榆罔还专门做了一个三重对应的简单密码本，为每个人设计了三个假名，尽一切可能隐藏秘理院成员的身份。
姜榆罔一开始并没有为秘理院成员设计一个称呼，本身长期的情报工作培训和他们后来担任的秘密情报工作，以及受姜榆罔直接指挥执行任务的现实，就已经让他们充分感受到了自己的特殊性了，在执行任务时会获得天然的使命感。
因此，按照姜榆罔最初的想法，本来是没有必要为这些秘理院的成员们设计一个称呼的，但是因为秘理院的秘密行动的特殊性，还有他们日常戴着面具这些与众不同的行为。
莽古堡中人一般称他们为“密军”，其实也就是“秘密的军队”的意思，是其他人对于秘理院的好奇心的体现。
除了秘理院得到了一个“密军”的称呼之外，姜榆罔也意外的得到了一个别名，这就和姜榆罔对于莽古堡各院的管理有关了。
在用枢机院来管理负责各个方面事务的机构，冠以各种院的名称的组织架构建立起来之后，姜榆罔也对各个院的管理岗位称呼做了统一的规定。
每个院的最高负责人称为“院使”，寓意为接受使命来管理事务，每个院设最多四名副院使，分管事务，以下的职责则是由各院内部进行规定。
例如炼金院，就是根据所负责的不同武器的不同部件进行部门分工，最低的一层是“组”，负责一个部件生产的分工，再高一层是管理一个部件制作安排的“支”，而更上一层是负责一个武器的“部”，再之上则是冶炼和生产分工的两个“局”。
而再以秘理院为例，自上而下，首先分为总部和分部，总部所有人等级比分部高一级。总部以莽古堡的秘理院驻地为中心，而分部在整条莽古山，以及孟养城西南一带活动。
四名副院使全部驻扎在总部，分别负责管理四个“厅”：